Нашел выдержку из Налогового кодекса, которая подтверждает, что начислять НДФЛ на реализованные ЦБ до закрытия ИИС нельзя. Вот с этим и пойду в Сбербанк
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_28165/1a005abea389b01567be43d86b87ef49117c9b6c/#dst12336
3. Исчисление, удержание и уплата в бюджет суммы налога в отношении доходов по операциям, учитываемым на индивидуальном инвестиционном счете, осуществляются налоговым агентом. Исчисление суммы налога в отношении доходов по операциям, учитываемым на индивидуальном инвестиционном счете, производится налоговым агентом в следующих случаях:
1) на дату выплаты налогоплательщику дохода (в том числе в натуральной форме) не на индивидуальный инвестиционный счет налогоплательщика - исходя из суммы произведенной выплаты;
2) на дату прекращения договора на ведение индивидуального инвестиционного счета, за исключением случая прекращения указанного договора с переводом всех активов, учитываемых на индивидуальном инвестиционном счете, на другой индивидуальный инвестиционный счет, открытый тому же физическому лицу, в том числе у того же налогового агента.
4. Налоговый агент обязан уплатить в бюджет исчисленную сумму налога в срок не позднее одного месяца с даты, указанной в подпункте 1 или 2 пункта 3 настоящей статьи, на которую была исчислена сумма налога.