Аналогичная ситуация.
Подавал 3-НДФЛ для получения инвестиционного вычета в начале февраля, на тот момент справки о доходах 2-НДФЛ за 2020 год в базе ФНС не было. Данные о доходах вбивал вручную с бумажной версии, полученной от работодателя.
Составил обращение в техническую поддержку + обращение в сводной форме.
Надеюсь, к 15.07 вопрос получится решить.