Имущественный налоговый вычет

alex2812, не совсем понятен Ваш вопрос.
Второй собственник продает квартиру целиком всё-таки не третьему лицу, а собственнику первой доли?

alex2812, если я правильно понял Ваш вопрос, то собственник Б при продаже квартиры целиком вполне правомерно заявляет в декларации вычет в сумме документально подтвержденных расходов (1 млн. руб. на покупку доли) и его облагаемый доход составит 1 млн. руб.

alex2812,
При продаже недвижимости находящейся в собственности менее 3-х лет возникает доход благаемый налогом на доходы физических лиц.

Налогоплательщик вправе применить два различных способа уменьшение налогооблагаемой базы:
- применив имущественный вычет в размере не превышающем 1 млн. рублей
- уменьшить величину дохода, полученного от продажи имущества на фактически произведённые и документально подтверждённые расходы связанные с приобретением этого имущества.

Выбрать можно только один из вариантов

В Вашем случае имеется два объекта недвижимости: 1/2 доля в праве собственности одного собственника и 1/2 доля в праве собственности другого.
При приобретении права собственности на вторую часть объекта недвижимости Вы не уточнили что Вы собираетесь делать с самим объектом перед продажей - объединять его и получать новое свидетельство целиком на объект или продавать его по частям.
Если Вы своей долей владели более 3-х лет то доход от продажи Вашей доли не облагается подоходным налогом. В связи с чем Вам выгоднее продавать "два объекта" новому собственнику а уже он сам может объеденить их в единый объект.
При такой схеме приобретя вторую часть объекта за 1 млн. Вы можете выбрать как налоговый вычет в размере 1 млн, так и уменьшение дохода на сумму расходов так же 1 млн. В этом случае налогов не возникает.

В случае объединения двух объектов недвижимости в единый и послдедующая продажа объекта как целого срок права собственности на данный объект будет составлять менее 3-х лет. Применяя один из возможных методов уменьшения налогооблагаемой базы вы получите одинаковый результат - с дохода в 1 млн необходимо заплатить налог 13%
В случае если приведенные Вами цифры гипотетические то на реальных цифрах Вы можете получить разную выгоду в зависимости от применяемого метода уменьшения налогооблагаемой базы.