Перевод из Германии, с юр. лица физику в РФ

Я бы на месте самозанятого обратил в первую очередь взор на paypal или на какой нибудь payoneer. Там может быть не очень по тарифам и комиссиям но вариант один из немногих.
ИП принять деньги может, проблем нет ваще никаких. Главное, чтобы был нормальный договор и адекватная сумма за услуги. Если месяц работы ИП (в одно лицо) будет стоить по договору 100к евро, это будет ну такое себе дело. А если, скажем, тыщ 5 евро то вполне себе. Короче, адекватный должен быть договор, с адекватными суммами, с четким и понятным обозначением фронта работ. Договор, ясное дело, должен быть заключен с ИП а не самозанятым. А сам ИП должен открыть валютный счет. Ну и неплохо бы показать банку подписанный договор перед тем как клиент будет деньги отправлять. И если вопросов к договору у банка не будет, то после отправки клиентом денег все пройдет без проблем.

Ну в Германии то они может и являются, однако у нас могут даже потребовать подписания еще и акта выполненных работ.
Иннвойс конечно выставить можно. Деньги придут. Придут они на транзитный счет. После чего банк тут же запросит документы подтверждающие сделку. Можно прикинуться шлангом и послать в банк инвойс в качестве такого документа. Однако дальше все зависит от банка. Могут и завернуть затребовав договор итд.
Я такое делал через отдельный договор и проблем никогда не было. Физическими копиями никто не обменивался, тупо печаталось, подписывалось, сканилось, и отправлялось. Все проворачивается за день. Перевод договора тоже был, за собственным авторством без каких либо заверений.
Но у меня были не разовые сделки а сотрудничество на протяжении какого то времени с почасовой оплатой. Все это было расписано в договоре, по итогу месяца я тупо выставлял инвойс с итоговой суммой и количеством часов. Договор у банка уже был и в качестве подтверждения оснований конкретного платежа я отправлял в банк сам инвойс.
С 2018 года существует упрощенный порядок для сделок до 200 000 рублей. Там тоже нужен договор, однако вот тут Модуль приводит шикарный пример инвойса-договора в одном флаконе. Если сумма сделки небольшая и она одноразовая, такое можно попробовать. Я думаю должно все получится.