Столкнулся с аналогичной проблемой при закрытии ИИС в Тинькофф.
В конце февраля подал заявку на закрытие ИИС с переводом активов на брокерский счет. В поддержке сообщили, что это займёт от 15 до 30 дней (как и везде сообщают), также попросил персонального менеджера проконтролировать процесс. На ИИС были только российские облигации, фондов и валюты не было.
В марте пришло уведомление о закрытии ИИС, подождал несколько недель и в апреле продал часть ОФЗ и корпоративных облигаций. Через несколько дней выгрузил налоговый отчёт и увидел, что цена покупки отображается как 0 (ноль). Естественно, налог посчитался с полной суммы, без учета расходов.

В поддержке кормят завтраками, вначале сообщали, что учёт расходов сделают до 30.04.2022, потом до 17.05.2022, сейчас до 31.05.2022.

Самое печальное, что деньги на ИИС планировал использовать как ПВ для покупки квартиры в апреле, а теперь, судя по ответам выше, деньги заморожены до 31 марта 2023 г. или я должен буду уплатить около 200 тыс. руб. НДФЛ, который вернут (может быть) в марте 2023 г.
Полагаю, что если этих 200 тыс. руб. не будет на брокерском счете в конце года, то Тинькофф просто передаст данные о задолженности в ИФНС и, ко всему прочему, придётся ещё разбираться с ИФНС по данному вопросу.

Что сейчас делать, если честно, не знаю, не ожидал такого.