Получил расчет 2НДФЛ в налоговом кабинете. Альфа-Инвестиции рассчитал налог по ИИС, хотя счёт не был закрыт, а был переведен к другому брокеру. 

Статья Статья 214.9. НК РФ однозначно говорит, что:
Исчисление, удержание и уплата в бюджет суммы налога в отношении доходов по операциям, учитываемым на индивидуальном инвестиционном счете, осуществляются налоговым агентом. Исчисление суммы налога в отношении доходов по операциям, учитываемым на индивидуальном инвестиционном счете, производится налоговым агентом в следующих случаях:

1) на дату выплаты налогоплательщику дохода (в том числе в натуральной форме) не на индивидуальный инвестиционный счет налогоплательщика - исходя из суммы произведенной выплаты;

2) на дату прекращения договора на ведение индивидуального инвестиционного счета, за исключением случая прекращения указанного договора с переводом всех активов, учитываемых на индивидуальном инвестиционном счете, на другой индивидуальный инвестиционный счет, открытый тому же физическому лицу, в том числе у того же налогового агента.

Т.е. согласно НК РФ не должно было производиться ИСЧИСЛЕНИЕ налога. При общении по телефону данный аргумент был проигнорирован, со словами, что 2НДФЛ не корректируется и рассчитать налог они должны были. Т.е. брокер работает по каким-то своим внутренним правилам, а не по НК РФ. Благодаря некорректному 2НДФЛ, в 3НДФЛ данный налог идёт в удержание, хотя этого быть не должно.

С другими брокерами такой проблемы нет, налог по ИИС никто не рассчитывал. Уникальный только Альфа-Инвестиции.